Creo que lo que ocurre es que en los Cuentos Perdidos la mitología de Tolkien estaba aun en pañales por así decirlo, habían surgido casi todas las figura importantes, pero no había encontrado aun si lugar. En la primera revición que hace de la mitología como un todo (el Esbozo de la Mitoligía) la mayor parte de esas cuestiones desaparecen y el esquema queda fijado casi definitibamente.

La comparación de los Valar de los Cuentos con los Dioses Griegos creo que es muy apropiada, un buen ejemplo pueden ser el Vala Makar (que representa la guerra, y que despues desaparece) en comparación con Ares.