Qué nunca has visto la respuesta en el foro? Pues es uno de los temas estrella, junto con Bombadil, Glorfindel, los balrogs...
No se sabe mucho del origen de los Hobbits, sólo que son una rama de la raza humana, aunque no se sabe en que momento se dividieron ni por qué causas.
Espero que sirva para aclarar tus dudas, porque Tolkien no dice más sobre el tema

Un saludo de Shelob