Espero que se deba simplemente a que tenían miedo a que algún dragón olvidado (o balrogs voladores gracias a sus alas sombrías) pudieran acabar con ellas. O porque, como dice Eleder, Sauron podría hacer él mismo de artillería antiaérea.
En cuanto a que Sauron no viera una amenaza en las águilas, creo que pensaría que le atacarían con ellas y alguien a bordo que llevara el anillo.

(Mensaje original de: Lathspell)