Pues vaya... estamos con preguntas difíciles. Y el caso es que creo que en tu misma pregunta casi das la respuesta. Tolkien "se encontró" a los hobbits casi por sorpresa. Me explico, cuando escribió "El Hobbit" toda su mitología ya tenía forma, y en ella no había cabida para los hobbits. ¿Que hizo Tolkien entonces?, pues inventarse una "solución elegante" (similar a lo sucedido en el tema de Glorfindel tratado en otros mensajes). Transcribo parte de una extensa carta de Tolkien escrita en el año 1951:

"Su origen [el de los hobbits] es desconocido (aun para sí ismos), pues escaparon de la atención de los grandes, o los pueblos civilizados que guardaban registros, mientras que ellos no los guardaban salvo vagas tradiciones orales...".

Y en una nota sobre esta misma carta:

"Los hobbits, por supuesto, representanrealmente una rama de la raza especificamente humana (ni Elfos ni Enanos); de ahí que las dos especies puedan vivir juntas (como en Bree), y se llaman simplemente Gente Grande y Gente Pequeña."