No estoy segura de haber entendido tu pregunta. ¿Te refieres a por qué Tolkien crea una historia compleja con tantas razas para luego dejar sólo a los Hombres en la Tierra Media?

Hombre, supongo que si Tolkien quiso enmarcar esa historia en un pasado remoto de nuestra tierra, aun dentro de un contexto mitológico, no puede ser que deje a Elfos y Enanos proliferando y cohabitando con los Hombres. Tienen que acabar desapareciendo tarde o temprano.

En cuando a los neandertales.. pues.. no sé.. hasta no hace mucho (en términos evolutivos) aún cohabitaban con los sapiens....