No creo que lo haga por cobardía, sino por sentido común. Es prudencia, que no cobardía. Salieron hacia Mordor sin saber qué es lo que iban a poder hacer para conseguir entrar en Mordor, e imagino que no les sería ajeno el pensamiento de que a todos juntos les sería imposible pasar desapercibidos. Y el éxito de la misión es demasiado importante como para andarse con temeridades. Y la escapada de Frodo y Sam, coincidiendo con la emboscada de los orcos facilita la decisión de separarse.
No es Aragorn quien decide dejar a Frodo solo; es Frodo, el portador del anillo, quien así lo decide.