Es verdad que se eliminaron escenas cruziales y que son de gran importancia en los libros. Y se añadieron otras que no tienen demasiado sentido (desde el punto de vista de los libros).
Sin embargo, entiendo porqué Peter Jackson decidió hacer estas modificaciones.
Por ejemplo, creo se eliminó el saneamiento de la Comarca porqué se le hubiera quitado demasiada importancia a la derrota de Sauron, que en las películas es lo principal y todo se estructura entorno a su caída. I por la tanto, la muerte de Saruman debe ser distinta por la fuerza.
Otro ejemplo sería la presencia de elfos en la batalla del Abismo de Helm. Supongo que PJ decidió añadirlos porqué no se menciona a los problemas que tienen los elfos con la guerra contra Sauron (ataques contra Lórien, Dol Guldur,...) y para que no parezca que se quedan con los brazos cruzados, los incluye en Helm.
La única escena que no logro comprender es la derrota de Gandalf ante el Rey Brujo. La verdad, no me trago que el nazgul sea más poderoso que Gandalf.

Saludos.