Saludos Theodidaktos, bueno en mi opinion yo creo q lo ultimo q propones seria lo mas probable, es decir que siguieron habitando en lo profundo de las montañas, obviamente en un numero mucho mas reducido que antes debido a las guerras del anillo y el miedo al nuevo reino unificado de Gondor y Anor, pienso que probablemente sean pequeños clanes orcos muy distantes los unos de los otros y escondidos en lo mas profundo de las montañas saliendo solo a cazar para alimentarse. Creo recordar que el profesor Tolkien mencionó que para la cuarta edad escribio que habian surgido algunos cultos secretos a Sauron, asi que es probable tambien que los orcos hayan estado involucrados en eso de alguna forma por lo tanto no creo que se hayan extinto del todo.