Además de lo del Balrog (que hiciste bien en aclarar en otro comentario), hay algunas cosas mas que me chocan comparando ambas versiones de ESDLA:

---- La personalidad de Faramir: estuvo a punto de mandarle el anillo al padre, ese no es el Faramir que me llevé después de leer ESDLA.
---- El orgullo de Theoden: casi manda al muere a toda la Tierra Media cuando se negó a ir a ayudar a Gondor
---- El final de Saruman y del Retorno del Rey: además de que es una forma bastante indigna para un Istari morir empalado en su propio molino, el hecho de que Saruman no pueda desquitarse con la Comarca, le quita la identificación final que Tolkien creó con Frodo, el hecho de que vuelva de un viaje largo y traumado sólo para encontrar su hogar alterado al borde de la destrucción.
---- La primera decisión de los Ents de no luchar: al igual que con Faramir (y ya que estamos, con la renuencia de Aragorn de aceptar el reino de Gondor), el personaje se permite unos instantes de duda y cavilación hasta que la realidad lo golpea en la cara y decide actuar. Digo yo, ¿es necesario que todos los personajes sean tan moralistas y tengan miedo de actuar? Porque para eso ya tenemos a Elrond y Galadriel

Y ahora El Hobbit:

---- La (no) barba de Thorin... ¡es el rey de los Enanos, el mas viejo, y parece mas joven que Gimli en ESDLA!
---- Los Enanos que se quedan en Esgaroth... ¡es la Compañía de Thorin! ¡Son los Enanos de Erebor! No pueden simplemente no estar ahí cuando se abre la puerta.
---- La pequeña escaramuza dentro de Erebor: ¿era necesario hacer Arma Mortal 20 o Duro de Matar 34 con la Tierra Media como contexto? (y acá entra también las acrobacias de Legolas y Tauriel en el río)
---- El Rey Goblin: ¿que es eso? Parece el rey Jerjes de "Casi 300" jejeje, da mas risa que miedo

Mas allá de eso, no me malinterpreten; disfruté bastante todas las adaptaciones. Pero imagino que semejante presupuesto puede hacer que una historia corta como la de El Hobbit se vea mejor en la pantalla grande sin equivocarse asi...