¿Qué parte de que "Aüle, su creador, los hizo como los hizo, esto es, con diferentes facciones, por no tener claro cómo iban a ser el aspecto físico hombres y elfos" no queda clara del todo?

Los hobbits son de origen humano, de baja estatura, normalmente de 0,60 a 1,20 cm., más o menos la mitad de un hombre (de ahí lo de "medianos". Pero lo mismo que hay hombres normales (sin deberse a enfermedad) excepcionalmente altos (Elendil parece que medía más de 2,40 metros), también hay hobbits excepcionalmente altos.
Pero tanfo Elendil tenía facciones humanas como Toro Bramador facciones de hobbit.
Y al igual que los elefantes tienen facciones de elefante, y los caballos de caballo, los enanos tienen facciones de enano, no de hombre, independientemente que su altura sea excepcional o no. El mismo Thorin era excepcionalmente grande para ser enano, pero era y parecía un enano. Y es un deshonor para ellos cortarles la barba.