Buena pregunta

Sólo puedo avanzar algunas hipótesis, una de ellas es que en el agua aún resida parte del poder de Ulmo. Según el Silmarillion, todos los Valar y Maiar abandonaron completamente la Tierra Media excepto Ulmo (Y Melian, claro). Los Nazgul no se acercarían nunca a un lugar bajo la influencia de un Valar, supongo que de allí viene su miedo.

Otra hipótesis es la asociación Sauron-felino. En etapas más embrionarias del desarrollo del Silmarillion, (véase Cuentos Perdidos II), el precursor de Sauron era un gato llamado Tevildo. Sauron ha conservado algunas cosas de Tevildo, como el ojo de iris rasgado. Los Espectros son extensiones de su voluntad, habiéndo perdido la suya propia, y si Sauron sufre de hidrofobia, no es imposible que haya transmitido ese miedo a los Nazgûls.

Más teorías... el agua es un elemento purificador; algunas alteraciones del cerebro producen hidrofobia (y el cerebro de los Nazgûls estaba bastabte alteradillo )...

Yo me creo que temían a Ulmo.