Creo que no están basados en Escocia. De hecho, Tolkien siempre intentó crear una 'mitología' para Inglaterra (no para Escocia o Irlanda). Según he leido en algunos de los libros publicados por su hijo, al menos la Comarca intenta ser un reflejo de la campiña inglesa (donde Tolkien pasó su niñez). A pesar de eso, es verdad que en Inglaterra no existen verdaderas montañas (sólo colinas). Creo haber leido también (aunque no recuerdo si fue en la biografía o en que otro libro) que otras influencias posibles para Tolkien son las montañas Suizas y/o el recuerdo del paisaje de Sudáfrica de su infancia (por lo seco y falto de verde).

En resumen, en ninguna parte he encontrado referencias a Escocia (aunque no hay porque desengañar a los escoceses).