Pues esa pregunta es uno de los grandes enigmas de la obra de Tolkien. Visto lo visto, no creo que nadie pueda decir con un 100% de seguridad lo que es Tom Bombadil.
Hay por la red un artículo en el que parece que se razona que pueda ser Aule, aunque hay otra opiniones muy variadas, como que puede ser el propio Eru.
En fin, que ni idea!

Saludos,
Meduseld

(Mensaje original de: meduseld)