He mirado un poquito y parece que esa historia es sin duda el motivo principal.
De todas formas, elfos y enanos parecían condenados a no entenderse aún antes de aparecer.
Ya cuando Aulë crea a los enanos Ilúvatar dice: "y a menudo habrá disputas entre los tuyos y los míos, los hijos de mi adopción y los hijos de mi elección."
Y desde el principio parecen mirarse con mucha desconfianza, y surgen graves roces. En la FAQ de los enanos mezquinos se explica como los elfos los persiguieron y como los demás enanos nunca lo olvidaron, aunque no los considerasen parte de su pueblo.
Las relaciones entre los dos pueblos son muy comerciales...

Y la ruptura definitiva parece venir de la destrucción de Doriath. En los Pueblos de la Tierra Media he encontrado esto: "En el oeste, al final de la Primera Edad, las relaciones de los Enanos de las Ered Lindon con el Rey Thingol terminaron en desastre y provocaron la ruina de Doriath, cuyo recuerdo siguió envenenando las relaciones de los Elfos y los Enanos en edades posteriores."
Y en las cartas lo siguiente: "La hostilidad entre Enanos (incluso buenos) y Elfos, un motivo que aparece con frecuencia, procede de las leyendas de la Primera Edad"

Así que, salvo opinión contraria , diría que sí, que la destrucción de Doriath fue el motivo básico, aunque fuese creando enfrentamientos posteriores que siguiesen envenando la relación...

De todas formas, cuando a ambos les interesaba, eran capaces de mantener buenas relaciones, como los elfos de Eregion y los enanos de Moria... Hay, el poder del mithril

(Mensaje original de: Miruvor)