Según dice el mismo Tolkien en una de sus cartas:

"Barbol no dice que el Señor Oscuro 'creara' a los Trolls y los Orcos. Dice que los 'hizo' imitando a ciertas criaturas ya existentes. Hay para mi un abismo entre ambas afirmaciones, tan ancho que la de Bárbol (en mi mundo) podría posiblemente ser verdad."
(j.R.R. Tolkien, Cartas, carta nº 153)

Bien, pues la clave podría estar justamente en esa difenrecia entre crear e hizo, es una cuestión de lingüística, creo. En este caso, crear es dar vida partiendo de la nada, pero "hizo" se puede interpretar como la corrupción de esas criaturas preexistentes.

Según el Anillo de Morgoth:
"En El Señor de los Anillos parece evidente que los trolls existían por derecho propio, pero que Melkor los 'estropeó' *.
* En el Apéndice F de El Señor de los Anillos (I) se dice de los Trolls:
En un principio, mucho tiempo atrás, en el crepúsculo de los Días Antiguos, éstas eran criaturas de naturaleza torpe y estúpida, y no tenían más lenguaje que las bestias. Pero Sauron las utilizó, enseñándoles lo poco que podían aprender y acrecentándoles la inteligencia con maldad"

Además, en la cita de los Apéndices se cita la fecha en la que aparecen los trolls, en los días del Crepúsculo, que según los Cuentos Perdidos serían: Días del crepúsculo o Lomendánar: Los días anteriores a la creación de las Lámparas.
¿Y cuando aparecen los Ents?

Según el Silmarillion, Yavanna le pide a Manwe que proteja sus plantas, a lo que éste contesta que los Pastores aparecerán antes que los Primeros nacidos... Pero, en esta época ya estaban en Valinor, y por lo dicho antes, los Trolls ya habían aparecido.

Mmm... por lo tanto, no creo que los trolls fueran ents corrompidos, serían una especie aparte, manipulada, sometida, enseñada, lo que querais, por Melkor, pero no creada por el y no originada a partir de los ents.

Un saludo, desde Rivendel