El problema existía, sí

Comparto tu opinión. Creo que en tu inciso uno resumes muy bien lo que pienso del tema. Para ser una simple leyenda resulta que se alude a ella en bastantes ocasiones, como si fuera un tema dificil de aclarar.
Porque vamos a ver, en aquellos fragmentos donde parece que se afirma contundentemente que solo hubo tres uniones de hombres con elfos, existe ese pequeño agregado final que puede cambiarle el sentido (en negritas), idea esta que debo a Earnur y que me parece convincente:
"Y de estos hermanos solamente ha llegado a la Humanidad la sangre de los Primeros Nacidos, y la simiente divina de Valinor"

"Y de estos hermanos solamente ha llegado a los Hombres la sangre de los Primeros Nacidos, y una traza de los espíritus divinos que fueron antes de Arda"
Si estas dos frases aclaratorias se toman como limitantes para la cuestión de "y de estos hermanos solamente", entonces la cosa ya no está tan clara porque cuando se trae a colación Melian se dejan fuera todas aquellas ramas élficas en Arda que no descienden de ella.
Ahora, otra ocasión en que se afirma terminantemente esta idea, que ya citó Edhel-Dur, es esta:
"Hubo tres uniones entre los Eldar y los Edain: Lúthien y Beren; Idril y Tuor; Arwen y Aragorn"
y como Edhel aclarara más arriba, Mithrellas era Eldar. Pero hay un detalle: este fragmento corresponde al apéndice A, que no es un agregado del autor, no, sino parte de la ficción porque corresponde al Libro Rojo de la Comarca. Por tanto esto quiere decir que en el conocimiento de los hobbits y en el de el copista de Gondor que hizo el original, solo hubo tres matrimonios, y por lo tanto no hay que tomarlo tan al pie de la letra, siendo esta una cuestión que desde que se presenta en el libro se halla cubierta de misterio y de la que sus propios protagonistas desconocen la verdad.
Mi opinión, después de haber leído todas las opiniones, es que Tolkien creó las dos vertientes para que tanto una como otra idea fueran válidas, según la imaginación del lector. Las diferentes notas y fragmentos esparcidas aquí y allá, que aparentemente se contradicen (aquellas que mencionan la relación de Mithrellas con Imrazôr el Numenóreano v.s las que afirman que solo hubo tres matrimonios) de alguna manera reflejan la contradicción del libro, cuando Legolas "ve" (y no lo hace poéticamente, sino literalmente) la ascendencia élfica del príncipe y este le dice que no es más que una leyenda. En fin, que es un juego (en el que pienso que hemos caído algunos con más fuerza que otros ) con el que Tolkien nos arrastra aun más profundo en su mundo de leyendas. Y me parece muy bien, porque como dice Elfa Árwena, Tolkien lo escribió.
Esto me ha quedado un poco largo.
Saludos de la hierba

(Mensaje original de: Athelas la blanca)