No creo que a Tolkien se le llegara a pasar por la cabeza que nadie dudara de la relación entre Frodo y Sam. Es la típica relación entre un superior y su sirviente de su época cuando se le añade camaradería.
En cuanto al matrimonio de Sam, o ya puestos de Aragorn o Arwen, o cualquier historia posterior a la destrucción del anillo, están tan someramente tratados porque se trata de concluir la historia, pero no forman ya parte de la misma.
En cuanto a lo de ir a Valinor, Sam no pintaba gran cosa. No tenía ninguna necesidad de ir, y se debía a su familia, como es lo normal, entonces como ahora.