Yo no lo veo así. Frodo es su amigo. Sam marcha con él al concilio y hasta Mordor porque era su deber estar con él, para que juntos pudiesen acabar la msión. Para esto tenía suficiente valor, pero no para pedirle a Rosita que se casase con él, por raro que te parezca. Es cierto que no se la menciona durante el libro apenas, pero ten en cuenta que tampoco se menciona muchas veces a Arwen, y eso no significa que Aragorn no la amase, ni que no se acordase de ella.
Y si Sam no se hubiera casado con ella, creo que seguramente habrá partido a los puertos con Frodo. Pero no podia abandonar a su familia, por eso se quedó, y partió despues de la muerte de su esposa.
Otra cosa: Merry y Pippin sí que se casaron, lo dice en los apéndices.

Respecto al final de la historia, a mi me parece perfecto. Es un final feliz, pero a la vez es triste, como para decirnos que para conseguir algo bueno debemos renunciar a algo, o que en toda trsiteza puede surgir la alegria, o al reves.