De acuerdo, y no.

El origen de toda especie pasa por un proceso evolutivo, pero de toda especie real. Científicamente podremos decir que los Elfos nunca existieron, pero si los aceptamos, o jugamos a aceptarlos, no podemos analizarlos con un criterio científico en todos los aspectos, y sobre todo, en su origen.
La Tierra Media es el pasado mítico de nuestro planeta, sí, pero en ella hay elementos puramente míticos (entre ellos los elfos) a los que no se les puede aplicar un criterio científico, si acaso adecuarlo en un mínimo posible (anatomía, fisiología...), y sus características diferenciales como especie (o como raza según gustaba Tolkien), chocan demasiado con cualquier otra especie real con la que poder relacionarles en un proceso evolutivo.
Desde siempre, la Ciencia ha ido "arañando" y dando explicaciones, a las fabulosas que daba la mitología, también la cristiana, pero los elementos verdaderamente mitológicos que no se desmonten siempre quedarán allí.