Pues fíjate que a mi esa me parece una omisión perdonable. Aunque me encanta la parte de Tom Bombadil y el Bosque Negro, considero que incluso en el libro esta "metida con calzador" y, de todos modos, no cuadra con el tono general de la película. De hecho, si te das cuenta, el hecho de omitirlo no afecta al desarrollo general de la trama.
Lo único que parecería importarte en cuanto al curso de la narración sería de dónde narices sacan los Hobbits las dagas encantadas de Oesternesse (siendo una de ellas, la de Merry, responsable de la muerte del Rey Brujo): PJ lo solventa con un Trancos bien aprovisionado con armas mágicas de repuesto para Hobbits (aunque en principio él no debería saber cuantos Hobbits acompañaban a Frodos a parte de Sam, en fins).
En lo referente a los Tumularios, pues hombre, si no has metido a Tom Bombadil pues tampoco vas a incluir a los Tumularios. Además, la gente que no ha leído el libro podría confundirlos con los Nazgul y serían demasiadas explicaciones para nada en realidad.

Ahora va mi aportación sobre parte importante omitida: así, a bote pronto se me ocurre que podrían haber incluido a la Compañía Gris para no haber dejado solitos a Gimli, Aragorn y Legolas por los Senderos de los Muertos.

De todos modos a mi me parecen más graves las escenas "que sobran" más que las "que faltan":
- los Elfos en el Abismo de Helm (si quería mostrar una nueva Alianza entre Hombres y Elfos, ¿porqué no utilizó a la Compañía Gris?)
- los "fantasmas" de los Campos de Pelennor: tanto los Muertos del Sagrario (otra vez suplidos con la Compañía Gris) como una Eowyn superguerrera (capaz de derribar Olifantes rozándoles con la espada, aunque luego parezca que le da no sé qué pegar a los pobres Orquillos) y, por supuesto, el fantasma mayor del reino, Legolas mata-mumakiles.

Algo que también podría ser criticable (aunque yo lo agradecí) es el final interminable de ERDR. Tal vez PJ podría haber terminado en las faldas del Orodruin o en los Campos de Cormallen y rematarlo con un epílogo escrito en pantalla y narrado (yo que sé) por Galadriel/Cate Blanchett/Nuria Mediavilla (el prólogo lo hace ella también). Yo creo que es una concesión para los incondicionales del libro, aunque reconozco que puede ser algo pesado para los que no se hayan leído el libro.

Hablando de pesados, yo ya termino que no se me ocurre nada más.

Saludos desde Tejonera.