No son marionetas como tampoco lo son los ents o las águilas. Son seres racionales.
Aparentemente, en sus últimos años Tolkien estaba revisando sus escritos para hacer que los orcos descendieran de los humanos. De hecho, en el Silmarillion no hay referencias explícitas a orcos antes de la primera edad, y las implícitas podrían interpretarse como "maiar en forma de orco" (algo de esto ha mencionado Rusco).
Como sea, creo que este asunto no lo tenía en claro ni siquiera el propio autor...