Bueno, lo más probable es que signifique lo que tú propones y los Balrogs realmente puedan volar (con o sin alas...), pero también pudiera darse el caso de que el significado que se tome, por ejemplo, "pasar sobre" o "por encima de", no se deba interpretar literalmente como "pasar volando sobre" sino que tal vez tenga un significado más cercano a "andar por encima de" ya que pasar sobre algo no implica volar sobre aquello. Aunque eso sería rebuscar demasiado, yo prefiero tu teoría de que ese verbo se utiliza con el significado de "volar sobre", pero no podemos saberlo ya que una frase en otro idioma, traducida literalmente, puede no tener el significado que parece, como si se tratara de una frase hecha, y también porque el bueno del profesor no está aqui para respondernos. Aún así espero que se pueda arrojar algo más de luz sobre el tema.
Saludos