Nace el 9 de octubre de 1964 en Guadalajara (México). Sus estudios cinematográficos comenzaron en el Instituto de Ciencias de su ciudad, donde fue durante años diseñador de maquillaje, hasta que consigue fundar su propia compañía productora llamada Necropia. Más tarde crearía también la compañía Tequila Gang. En sus películas, Del Toro se caracteriza por una estética oscura, terrorífica y fantástica, y se declara un enamorado de los monstruos.

En su filmografía es normal que sea guionista, productor y director de sus proyectos, como Doña Lupe (1985), Geometría (1987) y Cronos (1993). Su primera película en Hollywood fue Mimic (1997), después vendrían otras producciones americanas como Blade II (2002) o la saga Hellboy (2004). Pero sus más exitosas historias las realiza en España, con la que tiene una estrecha relación. Así es con El Espinazo del Diablo (2001) y sobre todo con El Laberinto del Fauno (2006), con la que consigue un reconocimiento internacional, y es nominado al Oscar por mejor Guión Original. Sus ideas creativas son compartidas junto a otros directores de su país como Alfonso Cuarón y Alejandro González Iñárritu, con los que participa en diversos proyectos cinematográficos.

En 2008 se anuncia oficialmente la adaptación al cine de las películas de “El Hobbit”, para las cuales Peter Jackson decide contar con el cineasta mexicano para su dirección, en sus estudios de Nueva Zelanda.