Durante la Segunda Edad, las regiones que atraviesa el río están escasamente habitadas. El Baranduin conforma un límite natural entre las poblaciones humanas de Eriador y los Elfos de Lindon. En 1699, entra directamente en la historia cuando las huestes de Sauron cruzan el río durante su invasión de Eriador. En 1701 sufren una gran derrota en el vado de Sarn, ante los ejércitos de Númenor y Lindon. Siglos más tarde, con la fundación del reino de Arnor en 3320, algunos Dúnedain se instalan en los márgenes del Baranduin. En la Tercera Edad, los Reyes construyen el puente del Baranduin, al sur de la Isla de la Ciña, y refuerzan el Camino del Este. Tras la disolución de Arnor en 861, el río pasa a manos de Arthedain, mientras que su curso inferior se convierte en la frontera con Cardolan.
En 1601, los hobbits, liderados por Marcho y Blanco, atraviesan el río hacia el oeste y fundan La Comarca, con el precepto de custodiar el puente. En 2340, algunos hobbits vuelven a franquear el Baranduin para formar la colonia de Los Gamos, entre el río y el Bosque Viejo. En algún momento posterior, construyen la balsadera de Gamoburgo para atravesar con facilidad la corriente. Siglos más tarde, y de forma excepcional, el Baranduin se congela en el 2911 durante el Invierno Cruel, y los lobos blancos que habían invadido Eriador lo cruzan.
Ya en la Guerra del Anillo, el 25 de septiembre de 3018, Frodo, Sam, Merry y Pippin sortean el río mediante la balsadera de Gamoburgo. Cuatro Nazgûl, que habían entrado unos días antes en La Comarca por el Vado de Sarn en su persecución, atraviesan de nuevo el Brandivino por el puente, veinte millas más al norte. Tras la coronación de Aragorn en julio de 3019, el río forma parte del nuevo Reino Unificado, y constituye su frontera inviolable con La Comarca.
El nombre significa ‘Río marrón’ (baran = marrón dorado; duin = río), aunque el nombre Hobbitico, Brandivino, de consonancia similar, significa en realidad ‘agua de los bordes’ (branda-nîn), y jocosamente, ‘cerveza impetuosa’ (Bralda-hîm).