Mientras Elendil y sus hijos Isildur y Anárion logran escapar con algunos de los Fieles de la Caída de Númenor y fundan los reinos de Arnor y Gondor en la Tierra Media, Sauron también se salva de la catástrofe regresando a Mordor, reorganiza sus ejércitos y comienza a atacar Gondor, declarando la guerra a Elendil. El comienzo del conflicto tiene lugar en Minas Ithil en el 3429 de la Segunda Edad. Isildur y su familia pierden la ciudad y huyen a Osgiliath. Las fuerzas de Sauron lo saquean todo y destruyen el Árbol Blanco de Gondor que crecía en su patio, que era vástago del que existía en Númenor. Cuando los Hombres se marchan Anárion queda como defensor del reino.

En el año 3430 se forma la Última Alianza de Elfos y Hombres. Sus líderes eran: Gil-galad como señor de los Elfos del Oeste, Elendil como señor de los Hombres del Oeste, Oropher como señor de los Elfos del Este y Durin IV como señor de los Enanos de Khazad-dûm. Esta alianza reunía a los ejércitos de los Dúnedain y los Elfos. Los Hombres eran mandados por Elendil y los Elfos por Gil-Galad, el último Gran Rey. Antes de partir, Gil-Galad entregó el Anillo Narya a Círdan.

Sauron comandaba un ejército considerable. No eran sólo Orcos y Trolls, también reclutó a Hombres llamados Haradrim, procedentes de las regiones del sur, al igual que otros de Rhûn, que eran los Orientales, y algunos que vinieron de Umbar, los Númenóreanos Negros. Contaba además con sus principales sirvientes, los Nazgûl. Gil-galad y Círdan viajaron al Este desde Lindon en el 3431. Elendil había reunido a sus ejércitos en Amon Sûl y esperó allí la llegada de los Elfos. Se detuvieron en Imladris durante tres años y finalmente comenzaron su marcha en el 3434.

Elfos y Hombres consiguen la victoria en la Batalla de Dagorlad en el mismo año. El ejército del Señor Oscuro estaba muy mermado y no le quedó más remedio que retirarse a su fortaleza. Gil-galad y la alianza irrumpen en Mordor, empujando a Sauron fuera de Udûn y en dirección a Barad-dûr, donde comenzaron un asedio de siete años. La defensa de Barad-dûr no consistía en repeler sólo los ataques exteriores sino que se ordenaban numerosas incursiones. La fortaleza utilizaba sus armas de proyectiles para infligir grandes pérdidas en los ejércitos de la Alianza. Así recibió muerte Anárion, hijo menor de Elendil, asesinado por una piedra arrojada desde la torre en el 3440.

Los Hombres de las Montañas Blancas habían jurado fidelidad a Isildur, pero cuando los llamó a luchar contra Sauron en la guerra éstos huyeron, pues habían servido a Sauron en los Años Oscuros. Isildur los maldijo a no conocer reposo hasta cumplir su juramento. Serían conocidos como los Hombres Muertos del Sagrario.

En 3441, finalmente, Sauron descendió de su trono y se enfrentó a Hombres y Elfos en las faldas del Monte del Destino. En el enfrentamiento Gil-galad cayó abrasado por el calor de Sauron (Elrond, que era el heraldo de Gil-galad, recibe de éste antes de morir uno de los Anillos élficos, Vilya) y fue Elendil quien asestó el golpe que hizo caer al Señor Oscuro, aunque su espada Narsil resultó quebrada, su hijo Isildur la utilizó para cortar el dedo de la mano de Sauron que tenía el Anillo Único y enviar su espíritu a vagar sin forma en las regiones más desoladas de la Tierra Media. Así comenzó la Tercera Edad.

Casi ninguno de los líderes de la alianza pudo ver el resultado de aquello que tanto se habían esforzado por conseguir: Gil-galad, Elendil, Oropher, Amdir, y Anárion, habían muerto. Las fuerzas élficas sufrieron terribles pérdidas y nada se dice de lo que sucedió con el ejército y el rey de Khazad-dûm.

Una de las grandes consecuencias de esta guerra fue la prácticamente total ruina de la antigua civilización beleriándica en Lindon. El pueblo de Círdan absorbió los restos del pueblo de Gil-galad en Mithlond, pero la mayoría de los supervivientes abandonaron la Tierra Media. Debido a la guerra, Arnor sufrió un debilitamiento, al contrario que Gondor, que creció en poder desde ese entonces, y durante muchos años mantuvo su vigilancia sobre Mordor frente a un eventual retorno de Sauron. La alianza fracasó en su intento por lograr una victoria definitiva sobre el Señor Oscuro, principalmente porque Isildur no fue capaz de destruir el Único cuando tuvo ocasión. Gracias a la locura de Isildur, los Eldar pudieron utilizar sus tres Anillos de Poder durante más de 3.000 años para beneficio de su mundo.